L’école a été crée en 1979 à l’initiative de parents d’élèves. Elle fonctionnait dans le garage du SCAC pour l’élémentaire et chez les parents pour le secondaire.
Grâce à l’achat d’une ancienne école portugaise en 1984, les 65 élèves ont pu être regroupés sur un même site dans des locaux adaptés. La maternelle seule continuait à fonctionner dans 2 paillotes, sur un terrain cédé par le Consul de France . Grâce à une subvention accordée par l’Agence et sur ses fonds propres, l’APE fait construire un édifice en 1993.
L’école a été homologuée en 1989 pour les classes primaires et en 2005 pour la 6° et la 5°, elle est conventionnée avec l’AEFE depuis 1991.
En 1997, les effectifs augmentant, des locaux sont loués au Centre Culturel Franco mozambicain (CCFM) pour les élèves du Collège.
En 1999 un terrain est cédé à l’APE par le Maire de Maputo. L’école construite en 1993 et l’ancienne école portugaise achetée en 1984 sont revendues en 2001 pour financer la construction de l’actuelle école qui ouvrira à la rentrée 2002. (durant l’année 2001/2002 des locaux sont loués pour regrouper tous les élèves)
Depuis septembre 2009, les effectifs de l’EFM ont progressé de 200 élèves à plus de 270 aujourd’hui.
